國人感染率最高的B型肝炎，近年來因疫苗問世，大幅降低了兒童帶原的問題；然而C型肝炎卻成了肝病防治的另一個重要課題。

兒童C肝的主要感染源仍以母子間垂直感染為主。垂直感染可能發生在胎內或生產前後，但最重要的危險因素主要取決於母親的免疫狀況和病毒量的多寡；C肝媽媽懷孕產檢時，如施行羊膜穿刺檢查，可能會增加病毒傳染給胎兒的危險性；而法國的一項研究指出，經產道生產時使用產鉗會使垂直感染的機率提高三倍。


一般的研究指出，大部分經產道生產的嬰兒垂直感染比剖腹產來得多，但是否意味著剖腹產對C肝的垂直傳染有預防的效果，仍有待證實，所以目前婦產科醫師對於沒有HIV共同感染的C型肝炎母親，並不會建議剖腹產，但對於有HIV共同感染的C型肝炎母親則建議剖腹產以降低HIV和C型肝炎的垂直感染。

如果C型肝炎母親為無症狀或無HIV共同感染，仍然可以餵哺母乳；但如果是剛感染C型肝炎或有HIV共同感染，因為體內的病毒量較高連帶母乳中病毒量亦較高，則不建議餵哺母乳。

一般篩檢C肝是測血清中的抗C肝抗體，但抗體會經由胎盤傳到嬰兒，所以在一歲半以前想藉此確定是否從母體垂直感染到C肝，並不十分可靠，通常建議：在三個月大之後做一次C肝病毒RNA定量；一歲半到兩歲之間再以抗C肝抗體或第二次病毒RNA定量，以確認小孩是否確定遭感染。

不過，C肝從被感染到肝功能異常、肝硬化、甚至肝炎需要一段漫長的時間，遭垂直感染的兒童必須長期追蹤。