对于UD的疑问??

最近才开始 run UD
有些疑问想请前辈们解答
1. 有办法可以知道所下载运算的蛋白质名称吗??
2. UD在计算蛋白质结构是利用什么原理??
  (可以由分生 or 物理的方面帮我做解答吗,谢谢)
3. UD运算所得的结果最后会放在像PubMed or Proteindatabank这样的网站供全世界的研究人员使用吗?
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也许您可以到UD官方的消息留言版去找寻相关资料,或是提出问题,应该可以得到您所想要的答案~

http://forum.grid.org/phpBB/

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下面是引用Fanc于2006-04-28 23:19发表的 对于UD的疑问??:
最近才开始 run UD
有些疑问想请前辈们解答
1. 有办法可以知道所下载运算的蛋白质名称吗??
2. UD在计算蛋白质结构是利用什么原理??
  (可以由分生 or 物理的方面帮我做解答吗,谢谢)
.......

您的问题很好也很深入
先建议到官网来了解一下他们建立这套系统的目的
http://www.grid.org/about/
以及他们的运作说明
您的问题在这边都有基本的解答

我们所做的一切，应该解释成"协助运算分析"
其工作内容并没有细项说明 (说了也可能不懂)
有点像在帮慈济募捐，用途细项我们不一定了解

简单说就是做个善事嘛
欢迎一起努力喔

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我帮你回答第二个问题
他是用生物资讯的原理来跑
因为研究人员没那么多时间
做出一个个蛋白质
再一个个试验
所以先用生物资讯跑出可能的蛋白结构
一般来说要做出一个抗癌药
它必须要能抓到癌症细胞
而癌症细胞通常都有其特有的抗原(像钥匙孔)
而我们在跑的蛋白质
就像个钥匙
他跑的是计算蛋白质的角度
因为蛋白质都是由很多胺基酸组成
有些带正电有些带负电
所以虽然组成是相同的胺基酸
但是不同的胺基酸排列顺序
就会影响整个蛋白质的结构
当你的UD计算到蛋白质某个结构可以当钥匙
插进癌症细胞的钥匙孔里
就成功的第一步啦
接下来研究人员就要设法制造出这个蛋白质
在看看这个蛋白质有没有毒性
接下来可以在这个蛋白质的某个地方
让它接上药剂
当这个蛋白质带着药剂进入身体时
蛋白质卡到癌症细胞时
药剂就会释放出来
这只是设法杀死癌症细胞而不伤到其他正常细胞的一种方法
其实还有更多方法
例如做个病毒(通常是找嗜菌体)
在病毒中加入药剂
(附着在DNA或RNA或蛋白质上或是能把病毒杀死的序列)
而这种病毒只认得癌症细胞
当病毒碰到癌症细胞
就像注射一样
咻~的一下
就把带有药剂的物质
注入癌症细胞啦
目前俄国医院
已经可以成功利用这种方法
杀死许多具有抗药性的细菌
以上的方法是我用学理猜的
我没去看官网
不过应该是这样

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感谢上面3位大大的回覆
我有上官网大致看了一下 不过没发现要的答案
而smilemax大大 所以提供的资讯我已经知道了 我也是这么想的
不过对于结构是如何去推测的部分我觉得比较纳闷??

因为同样的胺基酸序列会因为序列间键结的情况的不同 而产生不同的3D结构
由UD程式的画面看起来似乎是已经知道该蛋白质大概的3D结构
再经由PC在去推算出更细部的结构 (这是我的想法，但也是疑问所在，如何推算??)
也就是说我们推算出的也只是可能的3D结构
那要如何知道结构的正确性呢??
是由UD软体来鉴别吗?? (我觉得比较不可能，因为UD的软体很小，我想应该是做不到)
或是回传到资料中心后 再由计划单位来执行鉴别的动作呢??

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我查过，这方面的中文文献真的很少
可能要再搜寻一下英文的部份 (无奈英文不这么认得我 )

这问题希望有对这方面研究的朋友帮忙解答一下

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下面是引用Fanc于2006-05-10 09:45发表的 :
也就是说我们推算出的也只是可能的3D结构
那要如何知道结构的正确性呢??
是由UD软体来鉴别吗?? (我觉得比较不可能，因为UD的软体很小，我想应该是做不到)
.......

要知道结构是否正确
当然是做实验阿
毕竟机器算的
和现实还是有差异阿
我们知道的就是癌细胞的抗原
然后经由癌细胞的抗原我们推出较可能的胺基酸序列
然后算...复杂
最后算出来的可能结构交由研究人员实验
最后的部分才是困难吧
而且算出来的蛋白质不一定能很稳固的抓住癌细胞的抗原

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转贴自:http://tw.news.yahoo.com/060529/15/36pht.html
一项跨国的大型临床试验结果发现，透过新型标靶药物的治疗，罹患非何杰金氏淋巴瘤的年轻患者，3年存活率提高到9成以上，显示淋巴瘤这种原本人见人怕的恶性肿瘤(新闻、网站)，已不再是绝症。

台北荣民总医院肿瘤科主任陈博明指出，淋巴瘤总共有27种，并非每种都很可怕，像位于胃部的黏膜相关淋巴组织淋巴瘤，由于是感染幽门螺旋杆菌而引起，只要使用抗生素即可治愈。他说，既然目前只剩少数几种难缠的淋巴瘤无法治愈，我们就没必要再称这种疾病为淋巴「癌」，只要称之为淋巴「瘤」即可。

陈博明的乐观看法并非随便说说。不久前，德国萨尔大学医学院内科主任麦克福隆修（Michael Pfreundschuh）刚完成一项包含18个国家的大型临床试验，就得到令人鼓舞的结果。

他把824名18~60岁、罹患中高恶性度的非何杰金氏淋巴瘤患者随机分成两组，一组只接受传统的化学治疗，另一组在传统化学治疗外，合并接受标靶药物「莫须瘤」的治疗。追踪3年下来，只接受传统化学治疗那一组的3年存活率为84%，合并「莫须瘤」治疗那一组则增为93%，两组有统计学上的意义。

另在淋巴瘤完全消失这部分，追踪3年也发现，接受传统化学治疗那组病患为68%，合并「莫须瘤」那组则为86%，也显示出合并治疗的效果较佳。

根据研究，「莫须瘤」合并化学治疗的新型疗法，对未满60岁的中高恶性度淋巴瘤患者来说，代表的是较高的肿瘤缩小比率、减少恶化比率、延长治疗失败期、增加存活率和存活时间，目前德国医界已在考虑将之纳为常规治疗。

陈博明说，淋巴瘤可分何杰金氏淋巴瘤及非何杰金氏淋巴瘤两大类，包括台湾在内的东方国家以后者居多。就台湾而言，非何杰金氏淋巴瘤每年新增约1400名患者，复发病例则为280名左右。

他指出，「莫须瘤」这种标靶药物的作用机转，在于其所含的抗CD20抗体，只针对淋巴瘤B细胞上的CD20抗原作用，一旦和B细胞表面的CD20抗原结合，就会启动免疫反应，引发毒杀作用，将肿瘤细胞杀死，而不伤及无辜的正常细胞。
「莫须瘤」一剂要价近5万元，一个疗程6剂打下来，患者得负担近30万的费用。所幸，今年3月起，中央健保局(新闻、网站)已开放未满60岁淋巴瘤患者使用此药的健保给付，对这群患者及其家属来说，无疑是一大福音。

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