全省三大古刹台北龙山寺、台南开元寺及南投县鹿谷乡凤凰山寺，在清嘉庆年间，经嘉庆皇帝游台湾下旨敕封，而凤凰山寺历经四度改造，主祀阴哪山惭愧祖师，祂为什么叫「惭愧」，到底是怎么来的，至今县文献尚无明确记载，很多人不知其所以然。

根据前鹿谷乡公所退休课长黄来旺，把故汉文学家张达修，所搜集的资料公开建庙为200多年，另外，现任该庙主任委员林森斌，邀请台大研究员张简尧所搜集的资料，为300年历史，而引起地方人士相当重要关键，希望考史专家深入证实，将这个谜底揭开。

首先就黄来旺把故汉文学家张达修所搜集的资料，在一本阮通志着作的潮州府志中找到线索，再重新考证后所写下来，据潮州府志嘉庆三十志方外篇记载，「惭愧」是别号，这个人姓潘，福建沙县人，唐元和12年3月25日出生，出生时在拳曲，因而名「拳」，弥月时，有一游僧至，其父抱他出来，僧书「了」字于其拳，立即伸张，遂更名为「了拳」，12岁父母先后亡故，依靠叔母，由于生活困苦，17岁去潮黄砂社车上村，即今大埔县，依游氏为母。


了拳少时即皈佛，曾在大埔的赤岩岭，以指甲写「大生石头」四字在石，大如拳头，历风雨剥落，点画宛然。祂的由来，系了拳曾语其徒曰：「从前佛祖皆宏演法乘自便以度人，我未能也，心甚愧之，圆寂后，藏我骸于塔，当颜其额日惭愧」。

凤凰山寺奉祀惭愧祖师，据该庙先前主委林勋及乡长陈锡梧，就乡公所资料为二百年，是清嘉庆年间，有庄昧者，由福建率数十人渡海来台，在昔之顶城，结草为庐，奉惭愧祖师公香火礼拜，也称顶城祖师公。

同治十三年，日军以日人在恒春失踪为由，藉端进剿牡丹社，清廷派钦差大臣沈葆桢办台湾防务，至台奏朝廷开辟横贯东西之战径，以便呼应，中路以福建宁总兵吴光亮为统领，偕其兄吴光忠由竹山东进，开山时扎营于顶城附近，以该地有蕃人骚扰，每日清晨必躬祷于祖师，虔求庇佑，并发愿他日开山顺利，将重建庙宇，以答神庥，吴光亮赠献「佑我开山」匾额，至今仍悬庙前门楣之上。

吴光亮以不屈不挠之精神，终将沿八通关秀姑峦隘道贯通，当开工抵凤凰山麓时，为纪念特大书「万年亨衢」四大字于巨石，草书遒劲，勒于道上，至今尚存的一级古迹。

吴光亮由于凿险有功，光绪三年擢升镇台，驻守台南，以当年许愿重建祖师公庙，乃驰书告顶城人士，并派吴维谟地理师扺顶城，与当地林吃来等人会商，勘查新庙地，并绘成图样，盘桓数日，一切商讨就绪，并择吉兴建，当地推林吃来、黄玉山、黄水秀等专程南下取银两、惟当时交通不便、徒步抵达时，吴光亮已先二天奉调回京，重建遂作罢。

台湾光复后，顶城改为凤凰村，凤凰山寺因而得名，现之庙貌，是民国43年，第三次募资重建以后四次再整修，建坪200余坪。

该寺重建后之时，当年之省议长黄朝琴与彰化县长陈锡卿，分别题赠「光明普照」与「灵昭海甸」匾额，民国68年谢副总统题「福佑生民」匾额乙方，更使凤凰山寺，声誉倍增。